Tại thành phố Cần Thơ, quá trình thành lập và phát triển của ngành công thương trải qua nhiều lần tách nhập và đổi tên như sau:

    - Tháng 5 năm 1975, Ty Công nghiệp và Ty Thương nghiệp tỉnh Cần Thơ được thành lập.

    - Tháng 3 năm 1976, thành lập tỉnh Hậu Giang do sáp nhập tỉnh Cần Thơ và tỉnh Sóc Trăng; thành lập Ty Công nghiệp và Ty Thương nghiệp tỉnh Hậu Giang.

    - Năm 1983, đổi tên Ty Công nghiệp tỉnh Hậu Giang thành Sở Công nghiệp tỉnh Hậu Giang và Ty Thương nghiệp tỉnh Hậu Giang trên cơ sở hợp nhất Ty Thương nghiệp tỉnh Cần Thơ và Ty Công thương tỉnh Sóc Trăng.

    - Năm 1988, sáp nhập với Liên hiệp Xuất nhập khẩu Hậu Giang thành Sở Nội Ngoại thương tỉnh Hậu Giang.

    - Năm 1990, đổi tên thành Sở Thương mại và Du lịch tỉnh Hậu Giang.

    - Năm 1992, chia tỉnh Hậu Giang thành tỉnh Cần Thơ và tỉnh Sóc Trăng; thành lập Sở Công nghiệp, Sở Thương mại và Du lịch tỉnh Cần Thơ, sau đó được tách ra thành Sở Thương mại tỉnh Cần Thơ và Sở Du lịch tỉnh Cần Thơ.

    - Tháng 4 năm 2004, tỉnh Cần Thơ tách ra thành thành phố Cần Thơ và tỉnh Hậu Giang; thành lập Sở Công nghiệp và Sở Thương mại thành phố Cần Thơ.

    Ngày 29 tháng 4 năm 2008, Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ ban hành Quyết định số 26/2008/QĐ-UBND thành lập Sở Công Thương thuộc Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ trên cơ sở hợp nhất Sở Công nghiệp và Sở Thương mại; được sửa đổi, bổ sung tại Quyết định số 2601/QĐ-UBND ngày 22 tháng 9 năm 2010 của Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ.

    Sở Công Thương là cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân  thành phố Cần Thơ, có chức năng tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân thành phố thực hiện chức năng quản lý nhà nước về công thương, bao gồm: cơ khí; luyện kim; điện; năng lượng mới; năng lượng tái tạo; hóa chất; vật liệu nổ công nghiệp; công nghiệp khai thác mỏ và chế biến khoáng sản; công nghiệp tiêu dùng; công nghiệp thực phẩm; công nghiệp chế biến khác; lưu thông hàng hóa trên địa bàn thành phố; xuất khẩu; nhập khẩu; quản lý thị trường; quản lý cạnh tranh; xúc tiến thương mại ; kiểm soát độc quyền; chống bán phá giá; chống trợ cấp, bảo vệ quyền lợi người tiêu dùng; thương mại điện tử; dịch vụ thương mại; hội nhập kinh tế; quản lý cụm, điểm công nghiệp trên địa bàn; các hoạt động khuyến công; các dịch vụ công thuộc phạm vi quản lý của Sở.

    Sở Công Thương có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng; chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, biên chế và công tác của Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ, đồng thời chịu sự chỉ đạo, kiểm tra, hướng dẫn chuyên môn, nghiệp vụ của Bộ Công Thương.

    Căn cứ Quyết định số 81/2008/QĐ-UBND ngày 08 tháng 9 năm 2008 của Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ về việc quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Công Thương; Quyết định số 66/2009/QĐ-UBND ngày 30 tháng 11 năm 2009 của Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ về việc sửa đổi, bổ sung Quyết định số 81/2008/QĐ-UBND;

    Căn cứ Quyết định số 640/QĐ-UBND ngày 15 tháng 3 năm 2012 của Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ về việc thành lập Phòng Pháp chế tại 14 cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ;

    Căn cứ Quyết định số 1817/QĐ-UBND ngày 02 tháng 8 năm 2012 của Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ về việc sáp nhập Phòng chuyên môn trực thuộc Sở Công Thương;

    Căn cứ Quyết định số 28/2022/QĐ-UBND ngày 25 tháng 9 năm 2022 của Ủy ban nhân dân thành phố Cần Thơ về việc quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Công Thương;

    Sở Công Thương gồm 5 phòng chuyên môn và 01 đơn vị trực thuộc (theo sơ đồ cơ cấu tổ chức).